La science ouverte en pratique

Peer Community In propose une alternative aux revues scientifiques classiques pour organiser l’évaluation par les pairs. Les chercheuses et chercheurs s’organisent en communautés disciplinaires, dites PCI, qui évaluent de manière ouverte et certifient des préprints accessibles au public via des archives ouvertes telles que BiorXiv ou HAL. Si les auteurs le souhaitent, ils peuvent publier leur préprint recommandé dans la revue Peer Community Journal ou le soumettre à d’autres revues. Le dispositif est entièrement gratuit pour les auteurs et les lecteurs ; la plateforme est financée par des fonds publics.

Plusieurs communautés PCI sont aujourd’hui portées au sein des unités de recherche sous tutelle AgroParisTech.

• PCI Nutrition : La section PCI Nutrition traite des sujets liés à la santé des populations ainsi qu’aux comportements alimentaires. Les contributions liées aux protocoles de recherche en nutrition seront également présentées pour fournir une base méthodologique solide aux avancées futures dans le domaine.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » (AgroParisTech) 2023 pour la construction de la section et 2025 pour un stand de promotion de la section au congrès de nutrition international IUNS-ICN.

En savoir plus / contribuer : https://nutrition.peercommunityin.org/

Contact : Nicolas Darcel, Jean-François Huneau et Céline Cansell (UMR PNCA)

• PCI Plants : Cette nouvelle section de PCI a vocation à couvrir les sciences végétales, les organismes photosynthétiques ou encore la biologie des phototrophes, y compris les organismes photosynthétiques marins.

En savoir plus / contribuer : https://plants.peercommunityin.org/

Contact : Grégory Mouille  (IJPB) ; Wojciech Nawrocki

• PCI Animal Science : PCI Animal Science recommande des préprints dans un large éventail de domaines de recherche appliqués à la science animale : génétique animale, élevage, croissance, etc.

En savoir plus / contribuer : https://animsci.peercommunityin.org/

Contact : Rafael Muñoz-Tamayo (MOSAR)

• PCI Ecotoxicology & Environmental Chemistry : Cette section de PCI couvre les interfaces de la chimie environnementale, de l’écologie et de la toxicologie environnementale. Elle comprend des articles dans le domaine de l’écotoxicologie, aquatique ou terrestre. Elle couvre également le devenir et le transport des produits chimiques dans l’environnement, leur transfert aux organismes vivants et dans les réseaux trophiques, et leurs effets à différents niveaux biologiques.

En savoir plus / contribuer : https://ecotoxenvchem.peercommunityin.org/

Contact : Christian Mougin (Ecosys)

• PCI Forest and Wood Sciences : Cette section de PCI couvre une grande diversité de champs thématiques en lien avec les sciences forestières et sciences du bois : biologie et physiologie des arbres, biologie du bois, interaction entre arbres et microorganismes, etc.

En savoir plus / contribuer : https://forestwoodsci.peercommunityin.org/

Contacts : Erwin Dreyer (SILVA) et Serge Garcia (BETA)

• PCI Statistics and Machine Learning : Cette nouvelle section de PCI couvre différentes spécialités mathématiques en statistiques (statistiques appliquées, computationnelles, bayésiennes, etc.), apprentissage automatique (supervisé, non supervisé, etc.) et intelligence artificielle.

Contact : Julien Chiquet (UMR MIA Paris-Saclay)

Ouverture et reproductibilité au cœur du processus éditorial

Computo est une revue en libre accès qui promeut des contributions en statistiques et machine learning. Assurer la reproductibilité des résultats numériques est une condition nécessaire pour y publier. Chaque soumission doit inclure toutes les données nécessaires et les codes sources des logiciels utilisés, et les résultats être reproductibles grâce à l’utilisation de la programmation lettrée et de l’intégration continue. Pour les contributions proposant des implémentations de méthodes/algorithmes, la qualité du code fourni est évaluée lors de la relecture.

En savoir plus : https://computo.sfds.asso.fr/

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2023 (AgroParisTech).

Contact : Julien Chiquet (MIA Paris-Saclay)

Une revue de référence en modèle diamant

Éditée par AgroParisTech, la Revue forestière française est l’une des grandes publications en langue française consacrées principalement à la forêt tempérée et aux milieux naturels. Elle assure une liaison entre recherche et pratique, administration et gestion, progrès et diffusion des connaissances. Elle est publiée selon le modèle diamant, gratuit pour les auteurs et pour les lecteurs, en parallèle à une publication papier sur abonnement. Les numéros des années antérieures à 2015 sont consultables dans l’archive ouverte HAL-AgroParisTech.

En savoir plus : https://revueforestierefrancaise.agroparistech.fr/

Cirdi, hébergé sur la plateforme cired.digital, est un assistant de recherche multilingue expérimental développé au Centre International de Recherche sur l’Environnement et le Développement (CIRED). Il s’appuie sur l’archive ouverte HAL pour indexer et analyser automatiquement plus d’un millier de publications du laboratoire, couvrant des thématiques comme la transition énergétique, l’économie du climat, la modélisation des politiques publiques ou l’adaptation au changement climatique. En interrogeant Cirdi, les utilisateurs obtiennent des synthèses contextualisées avec liens directs vers les textes en accès libre. Cette expérimentation étudie dans quelle mesure l’intelligence artificielle pourrait renforcer la science ouverte, en rendant la littérature scientifique plus accessible, interopérable et réutilisable.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2025 (AgroParisTech).

En savoir plus : http://cired.digital

Contact : Minh Ha-Duong (UMR CIRED)

À travers une série de conversations menées par les chercheurs avec des membres des communautés samies de Suède et de Norvège, ce livre explore leurs visions du futur dans un contexte marqué par de multiples enjeux. L’ouvrage permet d’aborder les questions du changement climatique particulièrement rapide en Arctique qui modifie en profondeur le socio-écosystème local, l’extraction prédatrice des ressources naturelles qui exerce une pression croissante sur ces territoires, mais aussi les luttes pour la reconnaissance des droits autochtones et de l’importance de leurs voix pour réfléchir le futur.

La version numérique de l’ouvrage, édité par AgroParisTech Editions, a été publiée dans HAL sous licence ouverte.

Contact : Samuel Roturier (UMR ESE)

Un ebook éducatif publié dans HAL

Avec Terrix City à la découverte de l’univers caché de votre assiette, les enfants de 6 à 12 ans découvrent les petits et grands gestes du quotidien pour un système alimentaire durable. L’e-book et les ressources associées (images, cartes à colorier, etc) ont été intégralement publiés dans HAL en français et en anglais.

Découvrir l’e-book : https://hal.science/hal-03586270

En savoir plus : https://www.agroparistech.fr/actualites/terrix-city-decouverte-face-cachee-votre-assiette

Contact : Agnès Lelièvre (SADAPT)

Un package R pour faciliter le suivi et l’analyse des données de HAL

ManagHAL est un package codé en R (langage de programmation et logiciel libre) permettant de procéder à des extractions automatiques des publications d’une unité depuis HAL et à leur réorganisation sous différents formats. Il permet d’avoir une vision de la diversité des collaborations de l’unité et de produire des rapports. Un travail est en cours pour développer des outils d’analyse de réseau et rendre l’application utilisable par d’autres structures. Il est déposé dans la forge institutionnelle d’INRAE et sera à terme publié et archivé dans Software Heritage.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2024 (AgroParisTech).

Contact : Julie Aubert, Pierre Barbillon (MIA Paris Saclay)

Structurer et ouvrir les données pour améliorer la durabilité des systèmes alimentaires

L’objectif du projet est de permettre la gestion et le partage des données sur les transformations des matières agricoles en aliments et bioproduits ainsi que sur leurs impacts environnementaux. Un écosystème d’outils centré autour d’une ontologie de référence a été développé pour la saisie et l’interrogation de données dans une base spécialisée, leur export vers l’entrepôt national Recherche Data Gouv ainsi que l’édition d’un vocabulaire contrôlé spécifique au domaine.

DataSusFood est un projet de recherche fondamentale coordonné par l’UMR SayFood. Il associe aussi la plateforme MEANS (UMR SAS) et la plateforme PLASTIC (département TRANSFORM d’INRAE), ainsi que l’UMR IATE, l’UMR MIA-Paris Saclay, l’UR BIA, le CSGA et l’UMR STLO.

Projet lauréat du prix national de la science ouverte 2023 (MESR), catégorie « Créer les conditions de la réutilisation »

En savoir plus :
Site web du projet : https://datasusfood.hub.inrae.fr
Présentation : Ibanescu, L., & Dervaux, S., «DataSusFood: Structurer et ouvrir les données pour améliorer la durabilité des systèmes alimentaires», Open Science Week Université Paris-Saclay, 06 novembre 2024, Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.14168931

Contact : Caroline Pénicaud (Sayfood) ; Liliana Ibanescu (MIA Paris-Saclay) ; Stéphane Dervaux (MIA Paris-Saclay)

Ouvrir les données et les codes au service de la justice climatique

Ce projet s’intéresse à la distribution des impacts du changement climatique et à la vulnérabilité socio-économique des personnes impactées. Les inégalités climatiques déterminent, entre autres, la capacité de la population à s’adapter aux effets du changement climatique et à les atténuer. Le projet s’inscrit dans une démarche volontaire de science ouverte avec la mise à disposition du code et des données, et le développement d’un site web pour en faciliter la visualisation et la réutilisation en dehors du monde académique.

Données : https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataverse/JUICCE

Codes sources : https://gitlab.dsi.universite-paris-saclay.fr/juicce

Site web : https://juicce-climatejustice.fr/

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2024 (AgroParisTech).

Contact : Améline Vallet (UMR Cired)

Le projet RPG Explorer valorise les données d’utilisation des sols agricoles issues de la Politique Agricole Commune (PAC), qui sont collectées chaque année à l’échelle nationale. Il reconstitue des séquences de cultures à partir des historiques annuels. La mise à disposition sous un format spatial standardisé améliore l’accessibilité des données agricoles pour les non spécialistes en Systèmes d’Information Géographique (SIG). Les données se prêtent à un large spectre de réutilisation scientifique et sociale. Le projet est développé au sein de l’UMR SADAPT.

Projet lauréat du prix national de la science ouverte 2025 (MESR), catégorie « Créer les conditions de la réutilisation »

Contacts : Philippe Martin, Baptiste Girault, Yannick Joly, Katia Lucchi

Le 8 juillet 2025, la Maison de la Télédétection de Montpellier a accueilli la quatrième édition de la Data Party, un événement original organisé par l’UMR TETIS et l’UMR Espace Dev. Cette journée a rassemblé 38 participants venus de tous horizons professionnels pour une expérience collaborative unique mêlant science et jeu. S’inspirant du concept du jeu sérieux Data Curator (Ecole Centrale de Lyon), l’événement a pris la forme d’un escape game thématique conjuguant science ouverte et science-fiction. Les participants ont été plongés dans des défis ludiques visant à sensibiliser aux bonnes pratiques de gestion et de publication des données scientifiques.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2025 (AgroParisTech).

Pour aller plus loin : https://umr-tetis.fr/index.php/fr/actualites/4-data-party

Contacts : Nadia Guiffant, Rémy Decoupes

Libérez la science, un jeu FAIR-play est un jeu pédagogique en libre accès créé par le CIRAD. Il favorise les apprentissages et les discussions sur les principes de la science ouverte. Une version bilingue et enrichie du jeu sera bientôt proposée par l’unité Génétique animale et biologie intégrative (GABI), avec des questions abordant de nouveaux thèmes permettant de l’ouvrir à un public plus large (lycéens, nouveaux arrivants, participants aux journées portes ouvertes, etc.). Des exemplaires physiques seront mis à disposition sur différents sites. Cette initiative s’inscrit dans la continuité d’autres actions basées sur le jeu, comme l’escape game « Closed Access » animé par l’unité à l’occasion du printemps de la donnée 2024.

Projet lauréat de l’appel « soutien à la science ouverte » 2024 (AgroParisTech).

Contact : Nathalie Peynot et Wendy Brand-Williams (GABI)

• La gestion des données d’une infrastructure - Observatoire pour l’économie de la forêt (OLEF), Alexandra Niedzwiedz, 2025
• Implementing an open science strategy in a research project: the example of JUICCE (JUstice in Climate Change Exposure), Mehdi Mikou, 2025
• Justice in Climate Change Exposure : stratégie science ouverte et stockage des données, Améline Vallet et Nicolas Legrand, 2025.
• The drain on scientific publishing or the unsustainability of publishing, and how to fix it, Paolo Crosetto, 2025
• Peer Community In and Peer Community Journal, Barbara Class, Denis Bourguet et Thomas Guillemaud, 2025
• Peer Community In Registered Reports (PCI RR): from RR recommendation to (diamond open access) publication, Denis Bourguet et Thomas Guillemaud, 2025
• The life of a (traditional) journal from submission to publication, Sophie Nadot, 2025
• Retour d’expérience d’une revue en accès ouvert : l’exemple d’Activités, Marianne Cerf, 2025
• Retour d’expérience d’une revue en accès ouvert : l’exemple de Data & Corpus, Julien Muller, 2025
• Organiser la réutilisation des données : Data paper et consultation des données à TETIS, Rémy Decoupes, 2025
• Méta-analyses, data papers et visualisation de données. Un exemple sur le comportement d’ingestion des ruminants, Pierre-Emmanuel Robert, 2025
• DataSusFood Project: An exemple about how to integrate data on food, feed, bioproducts and biowaste engineering, Liliana Ibanescu, 2025
• [atelier] Reproductibilité des analyses sous R. Versionnage Git & co, Blanche Collard, 2025

• Comment développer de nouvelles modalités de publication ? L’exemple de Peer Community In. RafaelMuñoz-Tamayo (UMR MOSAR)
• Comment publier en accès ouvert des recherches impliquant des codes sources ? L’exemple de la revue Computo. Mathurin Massias (INRIA) et Julien Chiquet (UMR MIA Paris Saclay)
• Comment publier ses données de recherche ? L’exemple du dépôt dans Recherche Data Gouv. Améline Vallet (UMR ESE)
• Comment ouvrir son processus de recherche à différents publics ? L’exemple d’un projet en sciences de la nutrition utilisant des méthodes de recherche participative. Nicolas Darcel et Léonie Brière (UMR PNCA)

• Publier ses recherches avec Peer Community In - Masoomeh Taghipoor (UMR MOSAR)
• Publier un data paper - Caroline Pénicaud (UMR Sayfood)
• Gestion et ouverture des données de la recherche à EcoFoG - Gaëlle Jaouen (UMR ECOFOG)
• Publier ses données dans Recherche Data Gouv – Marie Debacq (vidéo) (UMR Sayfood)
• Rendre sa recherche reproductible avec Git et R - Blanche Collard (UMR ESE) et Corentin Barbu (UMR Agronomie)
• Intégrer une démarche participative en sciences de la nutrition - Nicolas Darcel et Léonie Brière (UMR PNCA)
• Intégrer une démarche participative en sciences de l’environnement : le projet Birdlab - Carmen Bessa Gomes et François Chiron (UMR ESE)