L'équipe MORSE a développé de nombreuses collaborations dans les domaines liés à l'écologie et spécialement en environnement marin, fluiviale ou forrestier.
De nombreux travaux portant sur l'halieutique ou l'écologie marine ont été menés en collaboration avec AgroCampuOuest, le Centre de Recherche Halieutique (CRH) et Pêches et Océans Canada.