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Micalis (Microbiologie de l’alimentation au service de la santé)

UMR AgroParisTech, Inra

Orientation scientifique générale

L’unité Micalis a pour objectif le développement de recherches novatrices dans le champ de la microbiologie de l’alimentation au service de la santé. Les travaux de l’UMR portent en particulier sur le rôle des micro-organismes dans les processus de fabrication des produits alimentaires, leur digestion par l’homme et leurs effets sur la santé. L’unité privilégie pour cela des approches de génétique bactérienne, de biologie moléculaire, de biologie cellulaire, de métagénomique, de microscopie à haute résolution, de biologie des systèmes et de synthèse.

Champs de recherche

Les travaux des 20 équipes de recherche de l’unité sont réalisés dans le cadre de trois pôles thématiques dont les objectifs scientifiques sont complémentaires :

Écosystèmes microbiens alimentaires et intestinaux : interactions fonctionnelles aliments/microbiote/hôte

  • Caractériser les écosystèmes microbiens par l’analyse de leur métagénome, étudier leur écologie fonctionnelle.
  • Comprendre comment et pourquoi la diversité des populations microbiennes s’établit et se maintient au sein des écosystèmes alimentaires et digestifs.
  • Étudier les mécanismes de dialogue entre le microbiote intestinal et les cellules et organes humains.
  • Proposer des leviers d’action pour le maintien de l’équilibre du microbiote et des interactions bénéfiques avec l’hôte ou la matrice alimentaire.

    Écosystèmes étudiés : microbiotes humains intestinal et buccal, écosystèmes fromagers et carnés, levains alimentaires…

Adaptation bactérienne et pathogenèse : mécanismes d’adaptation des bactéries à leur environnement, émergence et pathogenèse des bactéries opportunistes d’origine alimentaire

  • Caractériser les mécanismes moléculaires d’adaptation des bactéries aux changements de leur environnement.
  • Étudier les conditions et les mécanismes moléculaires d’émergence des bactéries pathogènes dites opportunistes.
  • Développer des outils d’identification et définir des stratégies de prévention et de lutte contre les micro-organismes pathogènes.
  • Étudier la réponse des micro-organismes utiles, d’altération ou pathogènes, aux contraintes de fabrication et de conservation des aliments.

    Micro-organismes étudiés : bactéries lactiques, streptocoques, entérocoques, staphylocoques, Bacillus cereus, bactériophages…

Biologie des systèmes et de synthèse : de l’approche globale des processus biologiques aux applications biotechnologiques

  • Étudier les micro-organismes ou les processus biologiques en tant que systèmes intégrés.
  • Caractériser les processus biologiques à l’échelle de la cellule microbienne unique et leur variabilité à l’échelle de la population cellulaire.
  • Modéliser pour pouvoir prédire et contrôler leur comportement.
  • Concevoir et construire des voies de biosynthèse d’intérêt et des châssis microbiens ad hoc pour des applications en alimentation, chimie blanche ou santé.

    Micro-organismes étudiés : Bacillus subtilis, firmicutes commensaux et pathogènes opportunistes, Escherichia coli, levures oléagineuses…

En savoir plus
www.micalis.fr
accueil-micalis chez inra.fr
+ 33 (0)1 34 65 27 51

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16 rue Claude Bernard
F-75231 Paris Cedex 05
Tel: 33 (0) 1 44 08 18 43
Fax: 33 (0) 1 44 08 16 00
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