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Le Vivant, notre vocation

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La grande école européenne d’ingénieurs dans le domaine du vivant et de l’environnement 2010-2013 : NOUVELLE OFFRE DE FORMATION

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Pour relever les grands défis du XXIe siècle développement durable, alimentation des hommes, gestion des ressources naturelles, gestion et préservation de l’environnement

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AgroParisTech propose une large palette de formations dans les champs du vivant, de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement, formant les ...    lire la suite »

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Deuxième année

L’enseignement de 2ème année est pour l’essentiel axé sur l’ouverture au monde professionnel de la recherche appliquée et à des aspects technologiques concernant plus particulièrement les filières « semences » et « forêts ». Les cours et les travaux-pratiques (physiologie, biologie cellulaire, biologie moléculaire, génomique) sont assurés par les enseignants de l’UFR soutenus par des interventions nombreuses de chercheurs tant publics que privés, d’ingénieurs d’entreprises, de représentants des organismes professionnels et par des visites sur le terrain.

Unités d’enseignement

1. Les semences, de la biologie à la filière

L. Rajjou

Objectifs :
La graine est l’unité de dispersion et de propagation des plantes à fleurs (angiospermes). Elle contient et protège l’embryon végétal jusqu’à la germination. La France en est l’un des principaux pays producteur et
exportateur de semences se plaçant au 1er rang européen et au 2ème rang mondial grâce à des sols et des conditions climatiques largement favorables mais aussi au grâce aux efforts constants des producteurs et de toute la filière française des semences. La qualité des graines montrent donc un grand intérêt agronomique. Elles symbolisent aujourd’hui un des vecteurs essentiels du progrès scientifique et technique en agriculture et représentent de ce fait des enjeux économiques, sociaux et environnementaux considérables. L’objectif de l’unité de valeur est d’illustrer quelques thématiques modernes de la biologie des semences en soulignant leur potentiel d’application et de présenter les principaux acteurs et le fonctionnement de la filière semences. Pour ce dernier point, il est fait appel à des spécialistes de la profession (GEVES, GNIS, INRA, secteur privé).

Programme :
A - Connaître la semence
* 1 Physiologie et biochimie du développement des semences
* 2 Le processus germinatif
* 3 Pathologies des semences
B - La filière-semences et la qualité
* 1 Production, préparation, conditionnement et conservation des semences
* 2 La mise en place de la qualité des semences
* 3 Le contrôle de la qualité des semences, les règles internationales d’essais de semences
C - Economie des productions de semences
* 1 Les semences dans le monde et la filière française
* 2 Enregistrements des variétés et protection des semences
* 3 Le marketing dans le secteur semences

2. Approches globales pour l’analyse du vivant

L. Rajjou

Objectifs
Le but de l’UV est de familiariser les étudiants avec les problématiques, le langage et les méthodologies utilisées pour l’analyse et l’interprétation des données génomiques et post-génomiques. Il est aussi de leur donner des aperçus sur les perspectives qu’ouvrent ces approches tant pour l’analyse de grands problèmes biologiques (évolution des génomes et des espèces, fonctionnement intégré des cellules par exemple) que pour des applications dans divers domaines. Il est enfin de les faire réfléchir sur les applications de la génomique, sur les interprétations qui en sont faites et sur les questions d’éthique qui en résultent

Modules d’approfondissement professionnel (MAP)

1. Evolution des génomes

P. Grappin

Programme :
L’évolution et l’adaptation des organismes vivants sont sous-tendues par des modifications de la structure de leur génome en relation avec les variations de l’environnement. Les mécanismes précis qui régissent ces modifications sont désormais analysés au niveau moléculaire. Leur compréhension a modifié notre vision de l’organisation des génomes (des bactéries à l’homme) et de leur fonction. Elle a débouché sur de nouvelles applications dans les domaines de la gestion du vivant, de l’agronomie et de la biomédecine. Certaines de ces applications sont des enjeux sociétaux et soulèvent des questions bioéthiques à considérer.

Cet enseignement s’adresse aux étudiants qui souhaitent se plonger dans le milieu professionnel de la recherche, dans un domaine actuellement révolutionné par l’avènement de la génomique. Il les amène à acquérir la démarche expérimentale illustrée par l’analyse des mécanismes d’évolution des génomes (des bactéries à l’homme), à apprendre les nouveaux outils moléculaires exploités en génomique et à découvrir leur champ d’applications. Le temps consacré aux apports des connaissances sera équivalent à celui consacré aux applications sous la forme d’une mise en situation devant la démarche de recherche au travers de l’analyse de publications. Une formation qui vise à montrer les tenants et aboutissants du métier de la recherche en biologie, profession actuellement désertée par les étudiants de l’INA P-G alors qu’elle constitue un gisement d’emplois non négligeable pour l’avenir.

2. L’arbre, de sa biologie à sa place dans l’espace rural.

S. Chaillou, E. Personne

Objectifs :
L’arbre a des rôles multiples dans la biosphère terrestre, qu’il soit isolé ou en forêt. Le module a d’abord pour but de montrer les particularités biologiques de l’arbre, dans l’espace forestier comme dans l’espace rural. Mais l’arbre a aussi une importance économique considérable, tant par ses productions propres (bois, papier, fruits) que par les fonctions de la forêt dans l’aménagement du territoire. Le module montrera cette dimension économique, ainsi que la dimension sociale, voire philosophique de l’arbre, très apparente dans les préoccupations actuelles des citoyens de nos pays européens. Ce MAP s’adresse à tous les étudiants intéressés par les sciences forestières et par la biologie de l’arbre en particulier, sujet par ailleurs peu abordé à AgroParisTech.

Programme :
* Biologie de l’arbre : croissance, ramification et architecture, gestion des réserves, fonctionnement minéral et hydrique
* L’arbre dans l’espace rural : le bocage et les haies, la savane, les parcs et jardins
* Conduite de l’arbre isolé ou en forêt : sylviculture en forêt de production, conduite d’arbres précieux, taille des arbres fruitiers, l’arbre en ville, les forêts périurbaines, l’arbre comme symbole
* Filières de production : bois d’œuvre, fruits, papier, bioénergie
* L’arbre dans la biosphère : ressources forestières et changements globaux, inventaire forestier

Méthodes pédagogiques :
Cours et conférences par des enseignants-chercheurs de l’Université, des ENSA, de l’ENS, de l’ENGREF, des chercheurs venant de grands organismes de recherche (INRA, CIRAD) et des professionnels de la forêt. Visites sur le terrain : tournées en forêt dans les Vosges, scierie, parc ou jardin historique, verger.

Evaluation :
Travail bibliographique sur un sujet lié à l’arbre ou à la forêt.

3. Introduction à la biologie intégrative et à la complexité du vivant

JD. Faure, L. Rajjou

Objectifs :
La biologie intégrative a pour but d’étudier (décrire et comprendre) le fonctionnement d’un organisme vivant dans sa complexité. Un organisme, un fragment de tissu ou même une cellule sont des systèmes complexes. Ces systèmes regroupent de nombreuses fonctions physiologiques qui interagissent entre elles. Un organisme vivant ne peut être réduit ni à un ensemble aussi complet soit-il de séquences géniques, ni à un ensemble quantifié de relations avec son environnement ; c’est bien l’interaction entre ces deux ensembles qui constitue l’objet d’étude de la Biologie intégrative.
Ce module combine des séances de cours fondamentaux à la fois dans les disciplines moléculaires et cellulaires pour illustrer les nouveaux outils et concepts des technologies "OMIQUES", et dans les disciplines de Physiologie et Ecophysiologie pour illustrer les approches aux échelles de l’organisme et de la population. Des conférences illustrent certains aspects plus précis de l’intégration au travers de questions de biologie spécifiques. Une introduction à la modélisation sera proposée. Les notions introduites au travers des cours et conférences sont développées dans des séances de TD où les étudiants pourront se confronter à l’utilisation de différents outils informatiques et bases de données. Les étudiants seront amenés à traiter des jeux de données provenant des systèmes microbiens, végétaux et animaux pour les interpréter et les modéliser.

4. Adaptation des plantes à l’environnement

A. Dellagi, L. Rajjou, K. Alix

Objectifs :
Les plantes (cultures, forêts….) sont constamment soumises à des stress dus à l’environnement, qui peuvent constituer un obstacle à leur bon développement. Ces stress sont difficiles à prévoir et leur impact sur les cultures difficile à évaluer. Il est clair que certaines parties du monde souffrent plus que d’autres des stress environnementaux tels que la sécheresse, la salinité, la pollution ou encore certaines maladies. Le choix des variétés adaptées aux conditions difficiles permet de minimiser l’impact des stress biotique et abiotique. Ces variétés peuvent être rustiques et adaptées depuis des siècles à l’environnement dont elles sont issues ou bien elles peuvent être le fruit de programmes d’amélioration génétique.

Dans ce module nous traiterons des différentes sources génétiques de résistance à différents stress biotique et abiotique chez les plantes. Nous présenterons quelques programmes de sélection variétales visant la résistance à ces stress. Dans un contexte de changement climatique résultant en des modifications drastiques des conditions environnementales et de la pression parasitaire, le développement de variétés adaptées et résistantes à leur environnement versatile est cruciale. Plusieurs approches contribuent à repérer ou à créer des variétés tolérantes ou résistantes aux
contraintes de l’environnement ; d’une part, par l’exploitation des ressources génétiques végétales, sources de caractères de rusticité et de résistance aux maladies, d’autre part, par une meilleure compréhension des mécanismes d’adaptation de certaines plantes à des conditions extrêmes (ex : à la
sécheresse) pour fournir des outils nécessaires à l’élargissement de ce caractère d’adaptation à d’autres plantes

Ce module est destiné aux étudiants soucieux de comprendre l’importance de la recherche fondamentale et appliquée dans l’amélioration des cultures pour des environnements difficiles. Il apporte des connaissances sur les ressources génétiques, les mécanismes physiologiques et moléculaires d’adaptation des plantes aux contraintes environnementales et les applications qui sont actuellement en cours de développement suite à ces connaissances. L’utilisation de plantes adaptées aux contraintes environnementales est l’une des stratégies les plus prometteuses pour diminuer l’utilisation d’intrants et s’intégrer dans le cadre du plan Écophyto2018.

Initiation à l’ingéniérie de projet (INIP)

1. Connaissance et Maîtrise du vivant.

S. Chaillou, L.Rajjou

INIP axée sur l’initiation à la recherche biologique, tous domaines du vivant

2. Initiation à la Démarche de Projet

S. Chaillou (avec O. Lapierre et JC Loncle)

INIP pour les étudiants en apprentissage

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