La biologie intégrative ou comprendre la complexité du vivant ? Comment comparer les génomes ? Comment relier un transcriptome et un protéome ? Comment comprendre les flux métaboliques ? Comment reconstruire la complexité d’organisation d’une cellule ou d’un organisme en 3D ? Comment modéliser une fonction de la molécule à la population d’individus ? Comment prédire les bases génétiques ou génomiques d’un phénotype ? Ce sont des exemples de questions que le Master STVE mention Biologie intégrative aborde au travers de cours, travaux dirigés, et stages en laboratoires. Elles définissent un socle de connaissances et de compétences qui s’intègrent dans les approches d’ingénierie du vivant, de biologie synthétique et de façon plus générale dans l’étude des grandes fonctions des organismes vivants.
Objectifs
La biologie intégrative a pour but d’étudier (décrire et comprendre) le fonctionnement d’un organisme vivant dans sa complexité. Un organisme, un fragment de tissu ou même une cellule sont des systèmes complexes. Ces systèmes regroupent de nombreuses fonctions physiologiques qui interagissent entre elles. Un organisme vivant ne peut être réduit ni à un ensemble aussi complet soit-il de séquences géniques, ni à un ensemble quantifié de relations avec son environnement ; c’est bien l’interaction entre ces deux ensembles qui constitue l’objet d’étude de la Biologie intégrative. Le Master 1 de la mention Biologie Intégrative combine des séances de cours, de travaux dirigés et de travaux expérimentaux en Biologie moléculaire et cellulaire pour illustrer les nouveaux outils et concepts des technologies "OMIQUES" ;ainsi quedans les disciplines de Physiologie et Ecophysiologie pour illustrer les approches aux échelles de l’organisme et de la population. Les concepts d’analyse multi-échelles seront en particulier développés avec des approches de statistique et de modélisation. Les étudiants seront amenés à traiter des jeux de données et à réaliser des expérimentations au travers d’exemples dans les systèmes végétaux, animaux et microbiens.
Témoignage d’une étudiante A. Baldy (promo 2010)
Après un DUT génie biologique, puis une licence, j’ai cherché à approfondir mes connaissances dans les sciences du végétal. J’ai recherché une école qui pourrait m’apporter une formation riche et intéressante dispensée à la fois par des enseignants chercheurs et des professionnels dans ce domaine. J’ai pu trouver tout cela grâce au master Sciences et technologie du Vivant en Biologie Intégrative. Cette formation m’a permis d’affiner également mon projet professionnel, grâce à la proximité des chercheurs ainsi que la visite d’un certain nombre de laboratoires. Ils ont été un moteur dans l’avancement de ma réflexion et une source de connaissances indispensables. Actuellement, je suis en Master deuxième année en Sciences du Végétal (Master cohabilitéAgroParisTech, Paris Sud 11, ENS Cachan) et je compte poursuivre par une thèse, avec une évolution aussi bien en France qu’à l’étranger et poursuivre par un emploi dans le privé en tant qu’ingénieur de recherche dans le domaine des semences
Spécialités M2 et débouchés
La mention Biologie Intégrative ouvre sur plusieurs spécialités M2 :
- Sciences du végétal en savoir plus... Comprendre les grandes fonctions de la plante (biologie cellulaire, développement, métabolisme), les interactions plantes-microorganismes
- Génétique animale, génome et diversité en savoir plus... Approche pluridisciplinaire de la génétique animale, qui est appréhendée à différentes échelles organisationnelles, depuis la molécule jusqu’aux populations, ainsi qu’une vision internationale du domaine
- Reproduction et développement en savoir plus... Former aux concepts, aux méthodes et aux pratiques de la recherche fondamentale, clinique et appliquée en reproduction et développement animal.
- Bioingéniérie des molécules en savoir plus... Former dans les aspects moléculaires et structuraux de la biologie, tout en maintenant un lien solide avec les approches plus intégrées de la biologie cellulaire, du développement des organismes, et des stratégies thérapeutiques issues des progrès de la génomique et de la chimie.
- Agents infectieux :interaction avec leurs hôtes et l’environnement en savoir plus… Étudier les agents infectieux compte tenu de leur importance en santé publique mais aussi par rapport à la biodiversité et à l’environnement.
- Biologie Systémique et Synthétique en savoir plus … Formation à la Recherche trans-disciplinaire en Biologie Systémique ou Synthétique avec une expérience en Biologie expérimentale, en modélisation et design.
La formationStructure et organisation
Pédagogie Le Master STVE d’AgroParisTech met l’accent sur la formation par la recherche au profit de champs et objets sociaux liés au vivant et à l’environnement. La formation à la démarche scientifique proposée comprend une formation disciplinaire relativement large dans le champ de la mention « Biologie Intégrative ». Elle comprend également des formations de base et d’ouverture, nécessaires à l’appréhension et à la connaissance de la complexité du vivant et de l’environnement. Les étudiants suivront des enseignements spécifiques et des enseignements proposés par d’autres mentions et/ou par le parcours ingénieur. La mention "Biologie intégrative" se caractérise par un enseignement privilégiant l’interactivité, le travail sous la forme de projet et l’ouverture sur l’extérieur (intervenants externes, laboratoires de recherche). Un tuteur est attribué à chaque étudiant. Le rôle du tuteur consiste àguider l’étudiant dans sa scolarité (intégration dans l’école, choix des modules d’enseignements, choix de la spécialité de M2) et dans la construction de son parcours professionnel.
Contenus,
1-Un tronc commun (septembre à janvier) avec des enseignements généraux (anglais, statistiques), des enseignements dédiés (Biologie intégrative, initiation à la recherche, épistémologie) et un projet théorique et pratique (initiation à la recherche).
- Des modules optionnels avec 6 modules au choix parmi une offre de 40 modules
- Un stage en laboratoire (2 mois)
Responsable de la mention "Biologie Intégrative" : Jean-Denis FAURE
Tuteurs : Anita Boisramé, Thomas Heams, Loïc Rajjou, Marie St. Dizier
Pour plus d’informations : jean-denis.faure chez agroparistech.fr
1-Tronc commun : (33 ECTS)
Epistémologie (30h, 3ECTS) en savoir plus… (lienN°1)
Statistiques (27h, 3ECTS)
langues : anglais (30h, 3ECTS)
Introduction à la biologie intégrative et à la complexité du vivant (48h ? 6ECTS) en savoir plus… (lienN°2)
Initiation à la recherche (54h, 6ECTS) :
conduite de projet : "Adopter un gène", analyse in silico de la structure et fonction d’un gène en savoir plus… (lienN°3).
Initiation à l’expérimentation : "Adopter un gène", analyse expérimentale de la fonction du gène (1 mois)
2-Modules optionnels : (27 ECTS)
La mention Biologie intégrative offre 3 séquences de 48H (6ECTS)et 3 séquences de 24H (3 ECTS)
Les étudiants devront suivre :
1 module obligatoire (6ECTS) en pré-requis au M2 souhaité
4 modules optionnels (18 ECTS) choisis parmi la liste jointe (2 modules de 48H et 2 modules de 24H)
1 module optionnel de 24h (3ECTS) totalement libre à choisir dans la liste des offres AgroParisTech
A titre d’exemple, voici quelques modules optionnels que vous pourrez suivre :
Adaptation des Plantes à l’Environnement
Biotechnologies animales
Mécanismes et évolution de la pathogénie : interactions cellulaires
Approches globales pour l’analyse du vivant
Du sauvage au domestique : évolution, places et rôles de l’animal dans nos sociétés
Les semences : de la biologie à la filière
Introduction à la biologie des systèmes
Bioingénierie des protéines et applications industrielles
3- stage en laboratoire à partir de fin mars de deux mois minimum (12 ECTS). Soutenance du stage mi-juin.
Exemples de stages en 2011 :
Évaluation de la qualité nutritionnelle du riz en cours de germination à l’aide d’un dosage biologique par la levure
Analyse de la variabilité épigénétique chez les clones bovins par une approche gènes candidats
Confirmation d’un QTL majeur de résistance au virus de la septicémie hémorragique virale dans des clones de truite arc-en-ciel
Ca²+ et régénération du foie : Impact de la signalisation calcique intranucléaire sur la prolifération hépatocytaire
Contribution à la caractérisation de la transformation génétique de Brachypodiumdistachyon
Caractérisation et rôle des fibrillines dans la réponse au stress photo-oxydatif chez Arabidopsisthaliana
localisation
Les enseignements ont lieu à AgroParisTech, sur le site de Paris.
Modalités d’évaluation
Pour valider le M1, il faut valider 60 ECTS ; Les UE doivent être validées et ne sont pas compensables entre elles. L’évaluation des UE est variée : examens, exposés sur articles, TP, projet. Pour valider une UE, il faut au moins E (10/20) (sur une échelle allant de A (excellent), à F (très insuffisant). L’évaluation du stage sera réalisée sur la base d’un rapport écrit, d’une soutenance orale et d’une fiche d’appréciation du laboratoire d’accueil.
Pré-requis éventuels
Filières de biologie, biochimie, microbiologie, physiologie,
Modalités de sélection des candidats
Candidatures au M1
Accès en M1 : sur dossier pour les titulaires d’un L3 (mi-Juin)
Les candidatures au Master STVE pour la rentrée 2012 ouvriront en Mars.
Résultats du recrutement
Les candidats retenus sont avertis personnellement du résultat début juillet par le secrétariat de la mention ou l’inspectrice du Master.
Informations pratiques
Logements
Les étudiants sont intégrés au sein d’AgroParisTech sur son site de Paris avec unaccès à l’ensemble des structures de l’école (bureau des élèves, animation étudiante, installations sportives, salles informatiques, etc.). Les étudiants ont la possibilité de postuler aux logements étudiants d’AgroParisTech.
Bourses d’étude
Bourses sur critères sociaux, et sur critères universitaires du Ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Pêche. Il est recommandé aux candidats étrangers de ne pas attendre leur admission, mais d’entreprendre en même temps que leur candidature, des démarches pour l’obtention d’une bourse auprès des instances de leur pays d’origine.
