Etablissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPCSCP), AgroParisTech est sous la tutelle du Ministère de l’Agriculture et de la Pêche (cf décret de création d’AgroParisTech).

 Directeur général : Remi TOUSSAIN
 Directeur général adjoint : Marc MICHEL
 Président du conseil d’admnistration : Yves-Thibault de SILGUY, président du groupe Vinci
 Vice-président du CA : Luc GUYAU, Président de l’assemblée permanente des chambres d’agriculture
 Président du conseil scientifique : Jean-Pierre HENRY, directeur de recherche à l’Institut de biologie moléculaire des plantes au CNRS

Quatre conseils statutaires permettent de gérer la vie de l’école :

• le conseil d’administration (cf composition du CA en document joint)
• le conseil scientifique (cf composition du CS en document joint)
• le conseil des enseignants
• le conseil de l’enseignement et de la vie étudiante

Il comprend une école interne, l’Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts (ENGREF) qui est administrée par un conseil et dirigée par Laurent ROSSO, directeur adjoint de l’étabissement.

AgroParisTech est organisé en départements de formation et de recherche, dont les thèmes pédagogiques spécifiques assurent aux étudiants une formation complète et variée, et en services administratifs, dont le rôle garantit le fonctionnement régulier des différentes fonctions de l’établissement (cf organigramme).